Contoh pelanggaram HAM(3)

14. Peristiwa kekerasan di Timor Timur pasca jejak pendapat (1999)
Kasus pelanggaran Hak Asasi Manusia menjelang dan pasca jejak pendapat 1999 di timor timur secara resmi ditutup setelah penyerahan laporan komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP) Indonesia - Timor Leste kepada dua kepala negara terkait.

15. Kasus Ambon (1999)
Peristiwa yang terjadi di Ambon ni berawal dari masalah sepele yang merambat kemasala SARA, sehingga dinamakan perang saudara dimana telah terjadi penganiayaan dan pembunuhan yang memakan banyak korban.

16. Kasus Poso (1998 – 2000)
Telah terjadi bentrokan di Poso yang memakan banyak korban yang diakhiri dengan bentuknya Forum Komunikasi Umat Beragama (FKAUB) di kabupaten Dati II Poso. Kaum terpelajar asal Poso dan Morowali yang berdiam di Sulawesi Tengah dan Jawa, khususnya yang menjadi anggota Gereja Kristen Sulawesi Tengah (GKST), dikejutkan oleh surat pimpinan gereja mereka ke Komisi I DPR-RI. Melalui surat bernomor MS GKST No. 79/X/2003, tertanggal 28 Oktober 2003, Pjs. MS  GKST, pimpinan gereja terbesar di Sulawesi Tengah itu mengusulkan penetapan  darurat sipil di wilayah Kabupaten Poso dan Kabupaten Morowali. Surat itu ditandatangani oleh Ketua I Majelis Sinode GKST, Pendeta Arnold R. Tobondo dan  Sekretaris I Majelis Sinode, Lies Sigilipu-Saino.
Hasil evaluasi akhir tahun yang dilakukan Yayasan Tanah Merdeka (YTM) sebuah LSM ternama di Sulwesi Tengah mengungkapkan jumlah korban tewas dan cedera akibat rentetan aksi kekerasan di daerah bekas konflik Poso sepanjang tahun 2005 meningkat tajam dibanding dua tahun sebelumnya. Sumber : Harian sore Mercusuar Palu
Dari sedikitnya 27 kasus tindak kekerasan yang terjadi sepanjang 2005 yaitu berupa penembakan 10 kasus, pembunuhan 4 kasus dan pengeboman 12 kasus, mengakibatkan korban meninggal dunia mencapai 31 orang dan luka-luka sebanyak 108 orang.
Arianto Sangaji, direktur YTM, kepada wartawan, Rabu (28/12), mengatakan korban manusia terbanyak terjadi ketika dua bom berkekuatan dashyat mengguncang Tentena (kota kecil di tepian Danau Poso) pada 28 Mei 2005 yang mengakibatkan 23 orang tewas dan 97 lainnya cedera.
Disusul pembunuhan dengan cara mutilasi di kota Poso 29 Oktober lalu yang menewaskan tiga siswi SMA setempat dan mencederai seorang lainnya.
Ia menjelaskan, jumlah kasus tindakan kekerasan di wilayah Poso tahun 2005 itu beserta akibat yang ditimbulkannya jauh meningkat dibanding keadaan dua tahun sebelumnya.
Pada tahun 2003 misalnya, total tindakan kekerasan yang terjadi di sana hanya 23 kasus dengan mengakibatkan 11 orang tewas dan 16 luka-luka, serta tahun 2004 sebanyak 22 kasus dengan 16 orang meninggal dunia dan 20 cedera.

17. Kasus Dayak dan Madura (2000)
Terjadi bentrokan antara suku dayak dan madura (pertikaian etnis) yang juga memakan banyak korban dari kedua belah pihak.